از آنجا که آب قلیایی دارای pH بالاتری است ، ظرفیت طبیعی خنثی سازی اسیدها در معده آن را به گزینه مناسبی برای درمان اختلالات دستگاه گوارش ، از جمله بیش فعالی معده ، اسهال و غیره تبدیل می کند. در موارد بیماری های ریفلاکس حنجره و معده و مری ، آب قلیایی نشان داده است که با خنثی سازی اسید در معده ، پپسین ، اندوپپتیداز مسئول بیماری ریفلاکس ، غیرقابل برگشت عمل می کند.